MTs Negeri 39 Jakarta telah meraih predikat Sekolah Adiwiyata oleh Wali Kota Administratif Jakarta Utara, raihan ini merupakan program nasional dari Kementerian Lingkungan Hidup yang bertujuan menciptakan sekolah peduli dan berbudaya lingkungan
MTs Negeri 39 Jakarta Memiliki beberapa sarana dan prasarana yang menunjang proses pembelajaran antara lainnya sebagai berikut
