Madrasah Tsanawiyah Negeri 39 Jakarta dibangun tahun 2004. Semula merupakan kelas jauh dari MTs N 5 Cilincing Jakarta Utara. Sebagai kelas jauh tentu segala sesuatu harus menginduk ke MTs N 5 Cilincing. Seiring dengan perkembangan dan kebutuhan untuk semakin mandiri dalam hal manajemen dan kebijakan kemudian dilakukan rintisan perubahan dari madrasah filial menjadi madrasah yang mandiri. Maka sejak tahun 2009 MTs N 5 filial Cilincing ini berdiri sendiri dengan nama MTs Negeri 39 Jakarta dengan SK Penegerian Nomor 92 Tahun 2009.
Secara geografis MTs Negeri 39 Jakarta berada di wilayah yang sangat strategis, terletak di perbatasan antara Jakarta Utara dan Jakarta Pusat. MTs Negeri 39 Jakarta adalah satu-satunya MTs Negeri yang berada di Kec. Tanjung Priok dan tergolong berada di pusat kota. MTs Negeri 39 Jakarta secara sosial budaya berada di lingkungan yang cukup komplek. Pertama, sangat berdekatan dengan beberapa sekolah negeri dan swasta baik tingkat SD, SLTP maupun SLTA. Hal ini tentu menjadi tantangan tersendiri bagi MTs Negeri 39 Jakarta untuk tumbuh menjadi sekolah yang berkualitas dan memiliki keunggulan khusus. Kedua, MTs Negeri 39 Jakarta juga berada di antara kelompok masyarakat yang beragam dalam hal strata sosial. MTs Negeri 39 Jakarta dikelilingi oleh lingkungan masyarakat Sunter kalangan bawah dan sedang dengan kultur tertentu. Tetapi juga MTs Negeri 39 Jakarta tidak jauh dari masyarakat Sunter kalangan atas, khususnya komplek perumahan, yang tentu secara kultur berbeda dengan kalangan bawahnya. Hal ini tentu menjadi tantangan ke depan agar MTs Negeri 39 Jakarta bisa masuk dan diminati oleh semua kalangan dengan layanan pendidikan yang terbaik.
Di tahun 2026 ini Madrasah Tsanawiyah Negeri 39 Jakarta telah menginjak usia 22 tahun, jika dihitung dari masa pendirian awal. Sebuah usia atau masa perkembangan lembaga yang sudah cukup panjang. Perkembangan MTs Negeri 39 Jakarta tentu seperti layaknya lembaga lainnya tidak serta merta langsung besar, lengkap dan matang, namun diawali dengan proses sederhana dan membutuhkan perjuangan yang cukup berat. Sebagai misal, dahulu di awal perkembangan MTs Negeri 39 Jakarta belum memiliki sarana ibadah masjid sebagai tempat siswa belajar sholat berjamaah dan praktek keagamaan lainnya. Pun di awal perkembangan, animo masyarakat masih sangat rendah, sehingga guru dan karyawan harus bergerilya mencari murid.
Berbagai permasalahan perkembangan secara bertahap bisa dilalui. MTs Negeri 39 Jakarta semakin menata diri, semakin berkembang, baik secara fisik, imej, manajemen, SDM dan lainnya. Tahun 2009, kerja sama dengan Komite Madrasah dibangun masjid dengan nama ‘’Nurul Anshor’’ berlantai dua, dengan luas 80 m2. Di sisi lain, untuk saat ini, walaupun belum ideal sekali, setidaknya hampir seluruh ruang pendukung telah dimiliki, misal sarana Lab IPA, ruang perpustakaan, ruang BK, dan lainnya.
Jumlah siswa dari tahun ke tahun selalu meningkat. Respon masyarakat relatif tinggi, rata-rata pendaftar calon peserta didik sekarang hampir 500 orang. Sementara jumlah calon peserta didik yang diterima antara 160-200 orang. Untuk prestasi Akademik dan Non Akademik peserta didik cukup membanggakan dimana setiap tahun selalu memperoleh piala atau penghargaan.
Tenaga pendidik atau guru dan tenaga kependidikan terdiri PNS, PPKS dan Non PNS dengan jumlah yang hampir seimbang. Iklim kerja semakin baik sehingga kegiatan pembelajaran dapat berjalan dengan baik. Peran komite madrasah sebagai wadah para walimurid untuk berpartisipasi dalam memajukan madrasah juga telah terbentuk dan berjalan dengan sangat baik, sehingga banyak program dapat berjalan dengan sukses, salah satunya, karena peran komite madrasah, misal dalam pembangunan masjid, kegiatan PHBI, perpisahan kelas IX, pendampingan lomba siswa dan lain sebagainya.
Jika dihitung sejak status penegerian MTs Negeri 39 Jakarta tahun 2009 maka terhitung sudah ada beberapa kepala madrasah yang pernah memimpin MTs Negeri 39 Jakarta
- Dra. Delilah, M.Pd (2009-2013),
- Drs. Basri Kamal, M.Pd (2013-2014),
- Drs. Niyatno, M.Pd (2014-18),
- Dra. Mimin Suryatiningrat, M.Pd (2019-2023).
- Siti Jubaedah, S. Ag (2023-sekarang)